Я предлагаю вам включить
alias crontab="crontab -i"
в ваш файл ~/.bashrc (запустите новую оболочку перед тестированием!)
Это означает, что каждый раз, когда вы запускаете crontab, вы всегда выбирайте опцию -i. Если вы теперь передаете команду crontab -r, она обрабатывается в crontab -ir, которая запрашивает перед удалением файл crontab:
nick@serv2:~$ crontab -r
crontab: really delete nick's crontab? (y/n) n