Сбой X-сервера при запуске приложения

Ubuntu и все дистрибутивы Linux с установленными утилитами GNU имеют xargs, что позволяет запускать команду с аргументами, переданными из другой команды или из предоставленного из stdin. В вашем случае то, что вы хотели бы сделать, следующее:

xargs  mongod < mongo_args.txt

Здесь у вас есть mongo_args.txt, который является текстовым файлом с вашими аргументами, и он перенаправляется как stdin в xargs. Это будет объединено с mongod и будет выполняться как полная команда.