Даже я столкнулся с той же проблемой Rhythmbox, но я пробовал и видел, что версия gtkpod 2.1.1 отлично работает для моих плейлистов на Ubuntu 12.04 Precise 64-bit. У меня есть iPod Nano 5-го поколения с камерой.
Установите gtkpod из Software Center: https://apps.ubuntu.com/cat/applications/precise/gtkpod/
Поскольку вы успешно попали на рабочий стол, я бы предположил, что сейчас все в порядке.
Когда вы впервые удалили диск, вы ждали, когда компьютер скажет вам, когда его удалить? После того, как вы скажете, что вам нужно будет перезапустить, если вы перейдете к нему и попросите его перезагрузить компьютер, он в конце концов скажет вам удалить установочный носитель, и тогда вам будет хорошо идти.
Как я уже сказал, поскольку вы сделали это на рабочем столе, это звучит так, как будто все круто. Получайте удовольствие от Ubuntu!