Я никогда не использовал vuze с Ubuntu, но в Windows вы выделяете торрент и нажмите stop / start.
Как я уже сказал, я использовал его только с окнами.
Обычно такие программы запускаются через скрипты в /etc/init.d/, к которым ссылки указывают из директорий /etc/rcX.d/. Тем не менее, я уверен, что где-то в руководствах Teamviewer есть описание того, как добавить службу TeamViewer навсегда:)