попробуйте некоторые из этих параметров, особенно own_window_type:
update_interval 3
total_run_times 0
own_window yes
own_window_type normal
own_window_transparent yes
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager
double_buffer yes
....
draw_outline no
draw_borders no
draw_graph_borders no
Кроме того, у меня возникли проблемы при запуске conky при входе в систему автоматически, так что теперь я использую консоль вручную. Когда вы пытаетесь таким образом, у вас все еще есть проблема?