На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я установил Adobe Reader, но не могу использовать такие функции, как выделение, вставка комментариев и т. д. в текущем Adobe Reader при использовании в нем Linux. Как использовать такие функции, как вставка комментариев и выделение в Linux, как в Windows и Adobe Reader?
Я могу настоятельно рекомендовать FoxitReader как читатель PDF. даже на окнах я использую его.
это имеет стандартные функции выделения, вставляя текст, подчеркивание, стрелки, комментарий...