Так как запуск Firefox как root работает и дает вам доступ к данным, которые у вас были раньше, это, вероятно, проблема с разрешениями. Вероятно, идентификатор пользователя, который владеет некоторыми или всеми файлами в вашем старом профиле, отличается от вашего текущего идентификатора пользователя. Вы можете исправить это следующим образом:
sudo chown $USER:$USER ~/.mozilla
Убедитесь, что Firefox не запускается при выполнении этой команды.