Как начать Skype-звонок с терминала?

да. После того, как вы вошли в Skype, и Skype работает в фоновом режиме, откройте окно терминала.

skype --help дает вам список опций

$ skype --help
Skype 4.2.0.11

Usage: skype [options]
Options:
  --dbpath=<path>       Specify an alternative path to store Skype data files.
                        Default: ~/.Skype
  --resources=<path>    Specify a path where Skype can find its resource files.
                        Default: /usr/share/skype
  --secondary           Start a secondary instance of Skype.
  --disable-api         Disable Skype Public API.
  --callto <nick>
  skype:<nick>?<action>
                        These commands allow Skype links handling.
  --pipelogin           Command line login. "echo username password | skype --pipelogin"
  --version             Display version information and exit.

, поэтому skype --callto <nickname> позволяет позвонить кому-то, кто в данный момент подключен к сети. Нет явной индикации командной строки о том, существует ли успешное соединение нет