Перед загрузкой в программный центр ubuntu вот руководство по упаковке .jar в deb, нет необходимости упаковывать ваше приложение перед отправкой в программный центр ubuntu, вы можете напрямую загрузить * .jar, если это закрытое исходное приложение, вы должен предоставить исходный код, если он является проектом с открытым исходным кодом. Canonical упакует его для вас
Ссылки
Как получить мое программное обеспечение в Ubuntu? Как мне упаковать приложение для Ubuntu Software Center? http://developer.ubuntu.com/ http://developer.ubuntu.com/packaging/html/