Эта функция в настоящее время нарушена в GNOME Commander. Поскольку GNOME изменился, чтобы следовать стандарту freesktop.org для обработки mimetypes, редактирование предпочтительных программ в GNOME Commander в настоящее время нарушено (v 1.1.7 ). У нас есть это в нашем TODO-файле, но пока GCMD не справится с редактированием предпочтительных программ, есть два других способа управления этим на основе пользователя; используйте nautilus или вручную отредактируйте файлы конфигурации, которые управляют типом mime в вашем домашнем каталоге. Использование Nautilus для этого может показаться довольно неудобным для пользователей GNOME Commander, мы обычно не используем GNOME Commander, потому что нам нравится использовать Nautilus ». - GNOME Commander
Вот как это сделать вручную: GNOME Commander
Здесь обсуждается вторая часть вашего вопроса: «Как сделать ваш запуск приложения без quickly run». Патч, который будет включен, доступен как часть отчета об ошибке: Компиляция схем, не входящих в шаблон приложения