Этот вопрос решил мою проблему: https://askubuntu.com/a/76557/34563
Я считаю, что Bleachbit является самым полным средством для очистки системы.
В дополнение к инструментам, о которых говорили другие, отличный инструмент для очистки - это Mundus Home Folder Cleaner (имя говорит все)