На самом деле сомнительно, является ли это вообще вопросом Ubuntu.
Если вы сначала установили BIOS своего компьютера для загрузки с USB-устройства, у вас не должно возникнуть никаких проблем. Он должен полностью загрузиться с USB-накопителя, и не имеет значения, как отформатирован жесткий диск.
Windows отформатирует жесткий диск и что-то там будет перезаписано.
Вы не должны должны полностью отключить жесткий диск.
Если вам неинтересно спящий режим, вы можете поместить пароль для зашифрованного раздела подкачки в файл в корневом разделе. /etc/crypttab может указывать на этот файл, и вы можете обойти эту проблему в целом. Это не угроза безопасности, поскольку ваш корневой диск зашифрован. В качестве бонуса, поскольку вы не планируете использовать спящий режим, вы можете фактически использовать файл подкачки случайным ключом каждый раз, установив этот файл в /dev/urandom. Если вы опубликуете свой crypttab, я был бы рад показать вам изменения, которые вам нужно внести.