Нет необходимости переписывать пакеты, поскольку вы знаете, что пакеты уже подписаны:
Управление пакетами Apt-get использует криптографию открытого ключа для аутентификации загруженных пакетов.Читайте здесь и здесь.
Если что-то было скомпрометировано, apt выберет его сам.