На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я не могу удалить файлы из своей облачной учетной записи.
Скажите, пожалуйста, как удалить файлы / папку из моей облачной учетной записи Ubuntu One.
В U1 вы можете только остановить синхронизацию папок, но не файлов. Итак, в Nautilus, для папки, которую вы хотите удалить из U1, вы можете нажать правой кнопкой мыши, а затем в Ubuntu One выбрать остановить синхронизацию этой папки.