Конфигурация apache2 по умолчанию в Ubuntu будет включать параметр ExecCGI только для определенного каталога ниже вашего основного (cgi-bin). Однако вы можете добавить эту опцию в любой каталог, который вам нравится, включая ваш основной.
Найти конфигурацию Apache для этого сайта. Найдите соответствующий раздел <Directory>, который будет либо находиться в одном из ваших конфигурационных файлов виртуального хоста, либо, если он будет доступен по всему сайту, он будет находиться в /etc/apache2/sites-available/default. Вы можете отредактировать его здесь или добавить новую конфигурацию в отдельный файл в /etc/apache2/conf.d/.
Вам нужно добавить ExecCGI в свою Options директиву (или создать новую Options ] с добавлением +ExecCGI.
Пример для редактирования существующей директивы Options:
<Directory /usr/home/joe/www>
Options Indexes FollowSymLinks Includes ExecCGI
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
Пример создания новой директивы Options для каталога, который переопределяет Apache default one:
<Directory /usr/home/joe/www>
Options +ExecCGI
</Directory>