Я написал эту командную строку
tree -fai . | grep -P ".pdf$" | xargs -L1 -I {} pdftk {} cat 2-end output {}.truncated.pdf
Выполняет ли задание, но, конечно, если файл имеет более одной страницы, я его протестировал, он также работает с таким количеством папок, что у вас есть. Просто убедитесь, что вы запустили его в корневой каталог структуры папок. Каждая папка будет иметь для каждого PDF-файла дополнительный PDF-код, заканчивающийся на .truncated.pdf
Для этого вам нужны pdftk и tree для этого и на Ubuntu Linux вы можете установить его с помощью apt:
[ f2]