В моем сеансе Xubuntu значки правильно отображаются в моем апплете меню панели xfce4. Если я запускаю xfce4-панель в сеансе Unity, значки отсутствуют.
Вероятно, эти значки связаны с чем-то в области уведомлений. В области уведомлений Unity уже обрабатывается другой индикатор, и тот, что на панели xfce4 (или что-то еще), будет конфликтовать. Вот почему вторая загруженная область уведомлений всегда будет мигать.
Xfce4 - это gtk2, unity ios gtk3 / qt / javascript. Среды разные