Наконец я нашел причину. Когда-то назад я внесла некоторые изменения в файл /etc/grubd.d/10_linux. По соображениям безопасности я сделал копию этого файла (.bak). Этот файл все еще исполнялся. Он никогда не вызывал проблем до последнего обновления системы. Единственное, что мне нужно было сделать, это chmod, поэтому этот файл (.bak), чтобы он больше не исполнялся. Выполняя sudo update-grub, все файлы, присутствующие в файле /etc/grub.d и исполняемые, берутся в файле grub.cfg, что вызвало проблему.
Предполагая, что вы находитесь в директории, из которой вы хотите скопировать файлы,
cp -r **/{*.doc,*.xls} /wherever/you/want/
выполнит трюк.