На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Есть ли способ сопоставить левый Ctrl как Super в Ubuntu 12.10.
Похоже, что в приложении с раскладкой клавиатуры нет этой опции.
Это довольно уродливый хак, но он должен сработать:
Перейдите на /usr/share/X11/xkb/symbols/
(здесь я нахожу файлы раскладки клавиатуры в Ubuntu 12.04, но я полагаю, 12.10 должно быть похожим),
Найдите файл макета (думаю, для клавиатуры США это будет просто us
),
Добавьте туда эту строку: key <LCTL> { [ Super_L ] };
(я думаю, что она может перейти прямо к первому «разделу» этого файла),
Выйдите из системы и войдите снова.