Я быстро обновил до 12.08.1, и он очистил аргументы командной строки от bin/project-name вместе с добавлением
### DO NOT EDIT THIS FILE ###
Но я использую аргументы для быстрого списка. Поэтому, subj.
Кроме того, разработчикам Quickly: в чем проблема с возможностью смены основного исполняемого файла?