Так что я пробую GBrowse, так как мы будем использовать это позже.
Но потом я получаю это
------------------------------------------------------------------------------------------------
256000 features loaded in 230.29s ( 1.19s/1000 features)...
Building object tree... 6.78s.47s
Loading bulk data into database.../tmp/feature.12240
DBD::mysql::db do failed: The used command is not allowed with this MySQL version at /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store/DBI/mysql.pm line 571, <GEN0> line 256232.
-------------------- EXCEPTION --------------------
MSG: The used command is not allowed with this MySQL version
STACK Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql::_finish_bulk_update /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store/DBI/mysql.pm:571
STACK Bio::DB::SeqFeature::Store::finish_bulk_update /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store.pm:1505
STACK Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader::finish_load /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store/GFF3Loader.pm:349
STACK Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader::load_fh /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store/Loader.pm:354
STACK Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader::load /usr/local/share/perl/5.14.2/Bio/DB/SeqFeature/Store/Loader.pm:243
STACK toplevel bp_seqfeature_load.pl:103
------------------------------------------------------------------------------------------------
Я пытался делать то, что здесь сказано: http://www.markhneedham.com/blog/2011/01/18/ mysql-the-used-command-is-not-allow-with-this-mysql-version / , также в части http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/ru /load-data-local.html
Если вы используете LOAD DATA LOCAL в скриптах Perl или других программах, которые читают группу [client] из файлов опций, вы можете добавить local-infile = 1 вариант для этой группы. Однако, чтобы это не вызывало проблем у программ, которые не понимают local-infile, укажите его, используя свободный префикс:
blockquote>. Так что теперь я в отчаянии - есть ли такая вещь в Ubuntu? Потому что, как я вижу в Windows, вы можете легко редактировать в оснастке «Службы». Я собираюсь добавить параметр
--local-infile=1
в исполняемый файл mysqld, когда вызывается скрипт / программа, запускающая службу MySQL.