отключить уведомления для определенных программ?

Я уверен, что таймаут для sudo - 15 минут.

Вы можете изменить это

sudo visudo

Добавить таймаут в эту строку

Defaults        env_reset

Итак, в течение 20 минут

Defaults        env_reset,timestamp_timeout=20

https://help.ubuntu.com/community/RootSudoTimeout