Возможно, xournal (приложение для добавления аннотаций к файлам PDF)
Нажмите, чтобы установить xournal
И okular сохранит hightlighting separetly, если вы хотите сохранить подсветку, которую вы должны сохранить PDF, как новый файл, чтобы сохранить подсветку.