В какой части менеджера обновлений вы просматриваете, чтобы избежать ошибок в своей системе?

По умолчанию да, обновления приходят из репозиториев Ubuntu.

Когда вы начинаете многоуровневую компоновку в PPA или коммерческих репозиториях (как это обычно происходит со временем), из них будут извлекаться обновления, если они содержат обновленные пакеты. Стабильность этих пакетов не контролируется Canonical или Ubuntu.

То, что вам нужно «просеять», полностью зависит от того, что вы устанавливаете и как вы его устанавливаете.