Перейдите в Настройки загрузочных приложений и отредактируйте стартовую строку для Skype:
sh -c "sleep 10 && skype"
Слушайте со значением 10. Снимите его, пока не начнете слышать царапину. Если вы слышите царапину, снова поднимите значение 1.