Это не очень хорошая практика для достижения того, чего вы хотите.
Если вы используете PHP, вы можете взглянуть на suexec, suphp или php-fpm и fastcgi.
Вы правы в своей проблеме, это проблема разрешения в том, что ваши файлы Webroot принадлежат другому пользователю, чем www-data.
Здесь это не очень плохое решение для решения вашей проблемы. suexec
Измените папку Webroot и вложенные папки Webroot, чтобы для группы было установлено значение www-data и установите правильные разрешения:
# set the group ownership to be www-data
chgrp -R www-data /path/to/home/Webroot/
# make sure www-data has read & write permissions (change it to `g=r` if you want to only give read-only access)
chmod -vR g=rw /path/to/home/Webroot/
# make sure www-data can access the folders by adding the group execute bit field to directories
find /path/to/home/Webroot/ -type d -print0 | xargs -0p chmod -v g+x
Изменить: обратите внимание, что вам обязательно понадобится снова запустить эти команды, если вы добавите файлы / папки с помощью вашей обычной учетной записи пользователя.