Я столкнулся с той же проблемой, потому что я запускал экземпляр виртуального окна ubuntu (guest), но работал в общей папке с моим mac (хостом).
Поскольку символические ссылки различаются по mac, cmake не удалось. Перемещение каталога сборки в папку только для ubuntu (не используется совместно с Mac) решило проблему.
Мораль истории - не создавать общие папки, которые пересекают платформы.