Как назначить один процессор одному процессу?

Попробуйте запустить его через sh:

sh /media/Kingston/usr/bin/truecrypt

Как сказал @Lekensteyn, проблема, с которой вы работаете, скорее всего потому, что ваш флеш-накопитель отформатирован как FAT, у которого нет разрешений.