VLC, Skype, Clementine и Virtualbox (четыре приложения QT, которые я использую) имеют значки в своих меню. Все остальные меню моей системы без значков, как они мне нравятся.
Я использую 12.04.
Значки в меню являются стандартными для приложений Qt / KDE. Чтобы приложения Qt подчинялись настройкам gconf, разработчики должны специально кодировать это. Вы не можете это контролировать, но это не ошибка в Ubuntu. Это поведение по дизайну из приложения