Я не уверен, который debconf опция должна я использовать для обхода этого дискового подтверждения изменения:
И порядок вопросов команд debconf?
d-i partman-lvm/confirm boolean true d-i partman-lvm/confirm_nooverwrite boolean true
Порядок должен не иметь значения, но я бы не стал делать что-то сумасшедшее, как переписать рецепт по умолчанию снизу наверх :)