Можно ли открыть несколько экземпляров Центра программного обеспечения?

Это было бы как минимум бесполезно, поскольку при установке программного обеспечения с помощью Ubuntu Software Center система блокируется, так что нет двух приложений, пытающихся изменить файлы одновременно.

т.е.: вы не можете сделать sudo apt-get update (или использовать его для чего-то подобного), когда устанавливаете программное обеспечение в ОСК, и наоборот также верно.