Фокусировка конкретного экземпляра приложения по коду?

Хорошо, получается, что переключать окна очень легко.

#!/usr/bin/env python

# This code will focus the window with integer id 67108870
# Tips: you can get that with xwininfo -int

# wnck is used for window management
import wnck

# time is needed because wnck requires it
import time

# Get information about windows, workspaces, etc from the X server
wnck.screen_get_default()

# Get a reference to the window we want to focus
# by providing an integer xid
the_win = wnck.window_get(67108870)

# activate the window, providing an int timestamp
the_win.activate(int(time.time())

Я улучшу этот ответ по мере изучения.