Где хранится соль для каждого пользователя?

Со страницы руководства из shadow(5) :

Каждая строка этого файла содержит 9 полей, разделенных двоеточиями («:»), в следующем порядке:

[..] зашифрованный пароль
Подробную информацию о том, как интерпретируется эта строка, см. В crypt (3).

Хорошо, давайте посмотрим на man 3 crypt тогда. Из заметок:

[..] Таким образом, $ 5 $ salt $ encrypted - это кодированный пароль SHA-256, а $ 6 $ salt $ encrypted - это кодированный SHA-512.

«соль» означает до 16 символов, следующих за «$ id $» в соли. Зашифрованная часть строки пароля является фактическим вычисленным паролем.

Итак, соль хранится в поле пароля самого /etc/shadow. Для получения более подробной информации, смотрите страницу руководства crypt (3) .