У меня никогда не было этой проблемы раньше. Я только что обновился до 11.10 и теперь щелчок или двойное нажатие на файл не приводит к его запуску в связанной программе. Нажатие работает на панели единства все в порядке, но не на файлы или папки. Я должен щелкнуть правой кнопкой мыши и выбрать открыть. Это боль!
Открыв рабочий стол или домашнюю папку, в строке меню выберите: Изменить -> Предпочтения -> Поведение и посмотрите параметры первая группа переключателей.