Установка apt-get, путь к каталогу и запуск зависимых программ

Я очень новичок в Ubuntu и, пожалуйста, потерпите меня, если я представлю версию объяснения очень непрофессионала.

Моя ОС: сервер Ubuntu 11.10, 64-битная версия

Мне нужно использовать три инструмента samtools, bowtie и tophat. Однако tophat зависит от samtools и bowtie. Фактор зависимости заключается в том, чтобы выяснить, где именно находится путь к вышеупомянутым двум инструментам (samtools и bowtie).

Теперь я могу установить samtools и bowtie, используя sudo apt-get install, однако

• Я не знаю точно, где существуют пути к библиотекам для samtools или bowtie
• Согласно указаниям по установке tophat Я должен извлечь инструмент из сжатого файла, изменить dir в этот файл и ./configure; НО я не вижу сценарий ./configure в распакованном каталоге

Samtools и Bowtie и Tophat находятся на их сайтах Это метод установки Я пытаюсь следовать.