Отредактируйте файл /etc/updatedb.conf
Настройте PRUNEPATHS с каталогами, которые вы НЕ хотите искать
PRUNEPATHS="/tmp /var/spool /media"
PRUNEPATHS: список, разделенный пробелами имена путей каталогов, которые не должны проверяться updatedb. Каждое имя пути должно быть точно в том виде, в котором каталог будет сообщаться по месту нахождения. По умолчанию никакие пути не пропускаются.
Обратите внимание, что всю указанную выше конфигурационную информацию можно также изменить или обновить с помощью параметров командной строки в утилите updatedb.