Когда вы выбрали установку, Software Center заменит текущую версию новой версией, то есть обновится до более новой версии.
Просто обновив, вы с большей вероятностью сохраните какие-либо пользовательские настройки, которые вы иметь. Единственный способ, с помощью которого я сначала удалю: если бы я думал, что у меня могут быть некоторые плохие настройки, которые останавливают выполнение программы должным образом и хотят сделать быстрое и грязное исправление, а не отслеживать неправильную настройку. Однако единственный способ надежно стереть все ваши старые настройки, чтобы запустить
apt-get purge {application name}
и в заключительную часть вашего вопроса, это относится только к любому приложению, о котором я могу думать. Я даже обновил свой сетевой менеджер во время работы в сети, а затем продолжал оставаться в сети (старая версия продолжает использоваться до перезагрузки программы, в случае с NM, которая перезагружается, если вы не заставляете ее останавливаться и запускаться вручную.