Название говорит само за себя. Есть ли хороший, безопасный , флэш-накопитель с шифрованием?
sudo apt-get install cryptsetup
затем используйте утилиту диска, чтобы создать раздел на диске и сделать его зашифрованным. Вам будет предложено ввести пароль при вставке флешки с этого момента
Ознакомьтесь с этой статьей. Я обычно использую TrueCrypt для таких вещей - это действительно хорошо. Википедия также упоминает некоторые программы под названием FreeOTFE; это, наверное, стоит проверить.