В Unity 3D, если я нажимаю на приложение в панели запуска, все окна этого приложения выходят на передний план.
Если я делаю то же самое в Unity 2D, отображается только последний активный. Есть ли способ включить такое же поведение, как в Unity 3d?
Нет, я так не думаю. Поведение, которое вы описываете для Unity 3D, зависит от Compiz (плагин масштабирования). При обычном использовании Unity 2D у вас нет композитных оконных менеджеров, таких как Compiz, и для таких эффектов понадобится ведьма.