Исходя из моего вопроса здесь:
Сочетание клавиш для «открыть терминал здесь»
Я обнаружил, что мои аксели забываются после перезагрузки и должны быть назначены снова. Почему это так, и как я могу заставить их постоянно «прилипать»?
У меня была похожая проблема некоторое время назад ... Там проблема была в том, что у меня был профиль, запущенный при запуске, и я должен был сохранить изменения в этом профиле - чтобы сделать изменения постоянными.
Основная причина ваших проблем в том, что Gnome в целом и Nautilus в частности не предназначены для простой настройки.
Я бы порекомендовал попробовать использовать более полнофункциональный файловый браузер и DE.