Это можно решить, изменив цвет фона в Ubuntu. Я попытался изменить цвет фона в Eclipse, но он не работает. Чтобы изменить цвет фона в Ubuntu, перейдите к
Система> Настройки> Внешний вид
Появится панель «Настройки внешнего вида», нажмите «Настроить ...» .
«Настроить тему» появляется, перейдите в «Цвета» и выберите более светлый цвет для фона «Подсказки», более темный цвет для " Подсказки "Текст.
Запустите или перезапустите Eclipse, вы увидите более светлые цвета, которые вы выбрали при появлении кода.
Это решение скопировано от: http://tipstank.com/2010/05/23/solve-eclipse-black-pop-up-code-assist-box-in-ubuntu-10-4-lucid/