На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Как я могу заставить сценарий bash запускаться только при завершении работы? Я искал это и продолжаю приходить с пустыми руками. Меня бы устроили либо ссылка, либо объяснение, как это сделать.
Я полагаю, вы добавили скрипт в /etc/rc6.d/
Возможно, вы захотите прочитать /etc/init.d/README