Можно ли запустить браузер папок от имени пользователя root, чтобы я мог копировать файлы в ограниченные места?
Чтобы сделать именно так, как вы хотите, gksudo nautilus
будет работать.
Это вызывает дополнительный вопрос - что вы пытаетесь сделать?