После того, как эта проблема задерживается на протяжении нескольких недель, используя Ubuntu 12.04 и пытаясь буквально десятки предложений, я могу подтвердить pulseaudio как виновника. Предложение jhench в моем случае, по крайней мере, решило проблему:
sudo apt-get remove pulseaudio
После выполнения вышеописанного на терминале и перезагрузки моей системы Skype и всех других приложений, которые использовали встроенный микрофон на моем Asus Zenbook начал работать надежно.
Есть слишком много предложений, размещенных на разных сайтах, которые просто не работают, и многие приносят больше вреда, чем пользы. Один даже предложил установить pulseaudio. Надеюсь, что я подтвержу, что это конкретное решение помогает другим в подобных условиях.