Я пробовал два эмулятора, и у Megaman 2 есть проблемы с запуском эмулятора GFCE Ultra NES, когда Megaman исчезает при ударе. У GCEUX проблемы со звуком.
Поскольку вы уже пробовали эти 2, я бы порекомендовал fceux . Это из той же «семьи» эмуляторов, что вы пробовали, но из другой ветки. И это в официальных репозиториях. Возможно, они исправили проблему со звуком.