Почему я получаю эту ошибку при использовании gedit?

Это безвредное сообщение, которое вы увидите при запуске большинства приложений gtk в командной строке. Вы можете игнорировать это на самом деле. Я не уверен, что является причиной этого, но обычно это не проблема, если только у вас не возникают другие проблемы с приложением.