Можно ли использовать адаптер Apple Mini DisplayPort для двухканального DVI?

Я думаю, что не имеет значения, какую ОС вы используете. Согласно Википедии, для Dual-Link DVI необходим активный адаптер, поэтому адаптер выполняет необходимое преобразование сам, независимо от операционной системы или драйверов.

Да, это должно работать. Используйте его все время на моем MacBookPro6,2 для встреч как в OSX, так и в Ubuntu.

Согласен с вышесказанным - Ubuntu больше заинтересован в том, чтобы включить графический процессор на вашей карте, чем выяснить, что с ним связано. В любом случае, именно графическая карта решает это для большинства видеокарт.