Как предотвратить появление этих ошибок с помощью GNOME keyring?

Как насчет:

#!/usr/bin/env python

import dbus

# Get a D-Bus interface to Skype
bus = dbus.SessionBus()
skype_object = bus.get_object('com.Skype.API', '/com/Skype')
skype = dbus.Interface(skype_object, dbus_interface='com.Skype.API')

# Ask for permission to control Skype
response = skype.Invoke("NAME " + __file__)
response = skype.Invoke("PROTOCOL 8")

# Issue commands
response = skype.Invoke("SET WINDOWSTATE NORMAL")

Это не так обобщено, как вы хотели, но это может сделать работу. Для любого другого, кроме простого личного использования, потребуется некоторая обработка ошибок.

Источник: API общедоступного API Skype