где команды записываются отдельно от .bash_history?

Нет, по умолчанию команды , выполняемые в bash (без вывода), сохраняются только в пользовательском файле ~/.bash_history. Есть несколько способов удалить строки из этого файла, например:

• удалить строки вручную:

  # removes line 42
  history -d 42
  # removes lines which just say “exit”
  sed -i '/^exit$/d' ~/.bash_history
  # removes lines containing “/path/” anywhere
  sed -i '\_/path/_d' ~/.bash_history
  

• добавить пробел к команде, которую вы не хотите сохранять (␣ означает здесь пробел):

  ␣echo secret password | …
  

  См. этот ответ .

• установите переменную HISTIGNORE в вашем ~/.bashrc, чтобы не сохранять определенные команды:

  # ignores lines beginning with “ls ” and lines which just say “clear”
  HISTIGNORE='ls *:clear'
  

  См. этот ответ .