apt-fast не ускоряет обновление apt-get. Если вы проверите код, например.
vi /usr/bin/apt-fast
Вы найдете строку:
if echo "$@" | grep -q "upgrade\|install\|dist-upgrade"; then
...
else
apt-get "@"
Это означает, что apt-fast ничего не делает во всех других командах, кроме обновления, установки и dist-upgrade.